Здание поликлиники было построено в 1985 году. В 2004 году на основании Постановления главы города Ставрополя в нем было организовано муниципальное учреждение здравоохранения "Городская поликлиника № 3", в последствии преобразованное в автономное. 18 марта 2014 учреждение стало государственным и передано в ведомство Министерства Здравоохранения Ставропольского края.